Het verblijf in Vlaardingen is van korte duur, want na het uitbreken van de tweede wereldoorlog moet de familie op last van de bezetter verhuizen. Lilien staat nog te boek als vreemdeling en mag daarom niet zo dicht bij de kust wonen. Het gezin komt terecht in een pension in Apeldoorn. Lilien vindt er werk bij de zeepfabriek De Haan & Van Brero, bekend van de zakjes blauw.

  Dat neemt niet weg dat zijn leven gevaar loopt. Klaarblijkelijk naar aanleiding van een registratie als 'voljood' uit begin 1942 stuurt zijn moeder vanuit haar nieuwe woonplaats Chicago een officieel document, waarin zij verklaart dat Ignace het natuurlijke kind is van haar (niet-Joodse) tweede echtgenoot.  De volledige gang van zaken is nooit helemaal duidelijk geworden, maar begin 1943 vermeldt een registratiecorrectie dat Lilien (slechts) twee Joodse grootouders heeft. Lilien heeft er zelf achteraf nooit meer over gesproken. In zijn geval was dat ook deel van zijn persoonlijkheid: hij leefde en componeerde in het nu. Als hij een compositie af had, wilde hij natuurlijk graag dat die werd uitgevoerd. Maar als dat gebeurd was, hoorde het stuk bij het verleden.

   In Apeldoorn bundelt Lilien 35 Hollandsche Gedichten 1938-1941-1943, waaronder de Ballade van Westerbork (1943).  Na de bevrijding organiseert hij er een bevrijdingsconcert. Bij wijze van honorarium worden hem drie trucks ter beschikking gesteld, waarin hij huisraad en spullen naar Den Haag kan vervoeren. De Liliens worden de eerste nieuwe bewoners van het spergebied Benoordehout. Lilien krijgt tevens de opdracht voor enig cultureel vertier te zorgen. Zijn Tweede Vioolsonate (1945), ten doop gehouden door Willem Noske, draagt hij dankbaar op aan het echtpaar Jos en Lex van Brero.

de woning in Apeldoorn

© J.J. Lilien

Lilien met een Canadese soldaat en het pedaal van zijn vleugel - de militaire trucks op weg

© J.J. Lilien